日本の天皇は何としてでも、侍たちが祖先から奪い取った権力を取り戻そうと決心を固める。しかし蜂起を前に、北条家が都を攻撃する。都の外では天皇に忠実な地方の領主が京都の僧兵たちの砦に避難する。彼らの忠誠の誓いは包囲された人々の最後の希望であった。元寇の闘いが始まった。こうした出来事が聖なる島々を揺り動かす中、ひとりの田舎の少年がある禅僧に伴われて巡礼修行を始める。サーガ『チハヤの石』の第2部では、侍たちの残忍な戦いが繰り広げられるが、同時に日本最初の禅僧たち、忍者の隠密な行動や、因習に固められた社会の中での自由を求める闘いなどが描かれる。