エジプト学者であるふたりのスペイン人が、エジプトの神官の墓の考古学的発掘の過程で奇妙な碑文を見つける。アトランティスの歴史を語るプラトンの『クリティアス(対話篇)』の断片だった。発見に驚いた彼らは見つけたものの由来と意義を調査し始めるが、すぐに彼らの歩みを導く不思議な人物の助けを得ることになる。大学の友人アルバロ・デ・アンドラデの助けを借りて彼らはブラジルの街マナウスに行き、そこで、引退した警察官と連絡を取る。この人物が、『クリティアス』の鍵があるかもしれないジャングルに埋もれた不思議な都市、エジプトの墓の碑文、そして太古の昔に姿を消した文明の存在についてのヒントを与える。