ビーグル号は1831年にイギリスを出港し、世界をめぐり、歴史をぬりかえる旅をすることとなる。その船には、22歳の若きナチュラリスト、チャールズ・ダーウィンと、15歳の見習い水夫シム・コヴィントンがのりこんでいた。シムは、ダーウィンのために動物を捕獲したり、剥製にしたり、カードを作ったりする手伝いをする。二人はジャングルに分け入り、地震や火山の爆発にあい、それまで知られていなかった動植物を見つけ、進化理論を形にしていく。